煮物
一献目の酒が出された後、一汁三菜の二菜目にあたる煮物碗が出される。煮物碗は飯碗や汁碗よりやや大きめの蓋付き碗を用いる。煮物は懐石のメインに相当する料理であり、しんじょなどを色取りよく盛る。煮物に続いて飯次（飯器）が出され、客は各自の飯碗にお替りの飯をつける。また、亭主から汁替えが勧められ、味噌汁のお替りが運ばれる。
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焼物
焼物は一汁三菜の三菜目にあたる。煮物碗が客一人ひとりに配られるのに対し、焼物は大きめの鉢に盛った料理（焼魚など）を取り回す。取り箸は青竹か白竹の菜箸を用いる。客は鉢からめいめいの食べる分を菜箸で取り分け、向付か煮物碗の蓋に取る。なお、焼物は重箱で出す場合もあり、その場合は重箱の下の段に焼物、上の段に香の物を入れる。ここで2度目の飯次が出され、2度目の汁替えも勧められるが、汁替えは客の方で断るのが通例となっている。また、煮物の後か焼物の後に2献目の酒が勧められる。
預け鉢
現代の茶事では、一汁三菜に加え「預け鉢」あるいは「進め鉢」と称して、もう一品、炊き合わせなどの料理が出されることが普通である。これも焼物と同様に、大きめの鉢に盛り合わせた料理を菜箸で取り分ける。
吸物
食事の最後に出される小さめの吸物で、「箸洗い」「すすぎ汁」とも称する。以後は盃事となる。
八寸
八寸（約25cm）四方の杉の素木の角盆（これを八寸という）に、酒の肴となる珍味を2品ないし3品、品よく盛り合わせる。2品の場合は、1つが海の幸ならもう1品は山の幸というように、変化をつけるのがならわしである。亭主は正客の盃に酒を注ぎ、八寸に盛った肴を正客の吸物碗の蓋を器として取り分ける。酒と肴が末客まで行き渡ったところで、亭主は正客のところへ戻り、「お流れを」と言って自分も盃を所望する。その後は亭主と客が1つの盃で酒を注ぎ合う。盃が正客から亭主、亭主から次客、次客から亭主、と回ることから、これを「千鳥の盃」と称する。客が上戸の場合は、さらに強肴（しいざかな）と称される珍味が出される場合もある（強肴は「預け鉢」の前後に出される場合もある）。
湯と香の物
納盃した後、湯桶（湯斗）と香の物が出される。湯桶には湯とともに「湯の子」が入っている。湯の子は飯の「おこげ」が本来だが、あられ等で代用することもある。添えられた湯の子すくい（柄杓）で湯の子を取って飯碗と汁碗に入れた後、両碗に湯を注ぎ、飯碗に少量残しておいた飯で湯漬けをする。香の物は一片を残しておき、これで碗をゆすぐ。最後は湯を全部飲み切り、器を懐紙で清めて亭主に返す。これは禅寺の食事作法を取り入れたものである。
菓子
食事の後に菓子が出される。菓子は縁高（ふちだか）と称する重箱に入っており、黒文字と称する木製の楊枝が添えられている。縁高は客の人数分重ねられ、1段に1個の菓子が入っている。正客は縁高の一番下の段を残し、残りを次客に送る（次客も同様にする）。菓子は懐紙に取り、黒文字を使って食する。
食器
利休時代までは主に漆器が用いられていたが、織部焼などの国産陶磁器の発達によって多彩な器が用いられるようになった。
現在では懐石料理に用いる器は陶器、磁器、漆器、白木、ガラス器などがある。このうち飯碗・汁碗などは漆器を用いるのが通例である。茶席においては主客より詰まで順次取り回し、八寸が出てのち亭主が同席して杯事がなされ、菓子ののち中立ちとなり、客はいったん待合へ退き銅鑼の合図で再び席入りするのが本来であるが、いわゆる大寄せ茶会においては別室で点心が供されることが多く、この場合中立ちなどは省かれる。
重箱を器として、懐石の一通りの献立を入れたもの。松花堂弁当もこれに該当する。
懐石料理で知られる店には京都南禅寺近くの「瓢亭」、同じく京都の「柿伝」、「辻留」（以上2店は仕出し）、大阪高麗橋の「吉兆」、滋賀県東近江市の「招福楼」などがある
これらの店では茶室を備え、茶事を行うことが可能な店もある。